Как сделать список списков python?

Создавайте каждую внутреннюю строку отдельно: matrix = [[0] * cols for _ in range(rows)]. Тогда изменение одной клетки не будет автоматически повторяться в остальных строках. Причина вашей ошибки — умножение внешнего списка копирует ссылки, а не создаёт независимые внутренние списки.

Например, запись bad = [[0, 0]] * 3 создаёт внешний список с тремя ссылками на один и тот же объект [0, 0]. Когда выполняется bad[0][0] = 9, этот общий объект меняется. Поэтому при выводе число появится в каждой строке, хотя присваивание было только одно.

Вариант good = [[0, 0] for _ in range(3)] ведёт себя иначе. Выражение внутреннего списка выполняется заново при каждом проходе, поэтому получаются отдельные строки. После good[0][0] = 9 первая строка изменится, а остальные останутся прежними.

Для ваших семи строк можно задать rows = 7 и нужное число столбцов в cols, затем применить включение. Нули допустимо повторять через [0] * cols, поскольку числа неизменяемы. Но если каждая клетка должна содержать отдельный список или словарь, такой способ внутри строки тоже потребует пересмотра: создавайте отдельный объект для каждой клетки.

Обращение matrix[i][j] сначала выбирает внутренний список с индексом i, затем элемент j в нём. Индексы начинаются с нуля. Если данные уже пришли как список строк, не нужно заново умножать их ради матрицы: проверьте, независимы ли вложенные объекты и одинаково ли их размеры соответствуют задаче. Копия внешнего списка через copy() сама по себе не делает глубоких копий внутренних строк.